Как говорит JeroenWyseur, Java EE - довольно большое пространство. В дополнение к тому, что он сказал, вы должны попытаться получить более подробную информацию о том, что именно вы будете делать: servelts & co, EJB (сущность, сеанс, бины сообщения?) И попытаться ознакомиться с этим.
Для вас должно быть ясно, что ваш код работает в управляемой среде, что накладывает множество ограничений. чтобы убедиться, что вы понимаете, что происходит, вы должны ознакомиться с концепцией развертывания. Затем, если вы делаете EJB, управление транзакциями также важно. Если вы точно не понимаете, что происходит при развертывании bean-компонента или сервлета, как управляются транзакции, как запускаются bean-компоненты, вам будет трудно.
Книга, которая мне очень помогла в то время, это «Освоение EJB» Эд Романа.
Кроме того, знакомство с RMI поможет вам понять EJB.