Я думаю, что вы запустили mvn eclipse: eclipse в неправильном каталоге. После того, как вы запустите mvn archetype: generate и выберите android-quickstart, вы должны увидеть новый каталог (возможно, под названием android-quickstart), перейдите в этот новый каталог и затем запустите mvn eclipse: eclipse, т.е. вы должны запустить его в том же каталоге, что и ваш pom .xml как сказал Джереми