Для классов, для которых у вас нет кода, вы можете использовать http://sourceforge.net/projects/jadclipse/, который декомпилирует файл класса и покажет вам код.Вы можете отлаживать, видеть значения переменных, поток управления, но не можете вносить какие-либо изменения.
Еще один вариант - прикрепить исходный архив, к банке, которую нужно отладить.Но и в этом случае вы не можете вносить изменения.
В большинстве случаев вы не будете вносить изменения в сторонние банки.В случае, если действительно необходимо получить исходный код, если он доступен.
Еще один способ - после декомпиляции класса скопируйте содержимое в файл Java по тому же пути в вашем проекте.Теперь этот класс будет выбран из кода ur вместо jar и , вы также можете вносить изменения