Я не уверен, должен проверить, я думаю, это должно быть возможно.
В index.php изменить
$mageFilename = 'app/Mage.php';
на
$mageFilename = '../app/Mage.php';
Необходимыевещи скины, медиа, загрузчик, ошибки, JS папки о других, я не уверен.
Я не уверен, нужно ли вам это вообще, потому что файл, который вы хотите защитить и защищен chmod и .htaccess