Попробуйте изменить
store.connect("pop.gmail.com" , "username" , "password");
до
store.connect("pop.gmail.com" , 995, "username" , "password");
Отказ от ответственности: я не проверял это.
Gmail требует безопасного соединения SSL, и, возможно, javax.mail.Service этого не обеспечивает. Я думаю, что более вероятное объяснение состоит в том, что вы просто не подключаетесь к нужному порту, поэтому я явно указал правильный номер порта для службы POP3 в Gmail.