Ваш подход неверен. У вас должна быть одна основная форма, которая будет отображаться на панели задач. И все дочерние формы должны быть установлены ShowInTaskBar = false. При нажатии кнопки на панели задач приложение должно активировать / свернуть текущий видимый дочерний элемент. Таким образом, вы не увидите изменения кнопки на панели задач. Но лично я не вижу никаких проблем с текущим мерцанием, это по умолчанию, и в этом нет ничего плохого.