Вы можете попробовать следующее:
(ECHO <i>username</i>& ECHO <i>password</i>) | <i>yourprogram.exe</i>
То есть, если я правильно понял вашу ситуацию.
Обратите внимание на отсутствие пробела перед &
.
UPDATE
Исходя из вашего ответа на мой комментарий, вышеприведенное предложение, вероятно, следует расширить следующим образом:
(ECHO <i>username</i>& ECHO <i>password</i>& ECHO Yes& ECHO Yes& ECHO Yes) | <i>yourprogram.exe</i>