Я не знаю, что использует SO, но сделать нечто похожее с jQuery не очень сложно
Вот скрипка с чем-то похожим: http://jsfiddle.net/yuQ3E/
$('button').click(function() {
$messageCont = $('<div class="message_cont">');
$message = $('<div>Some Message. Wait 3 secs!</div>').hide();
$messageCont.append($message);
$('body').prepend($messageCont);
$message.fadeIn(400, function() {
setTimeout(function(){
$messageCont.fadeOut();
//code to clean up container
}, 3000)
})
});
Это довольнолегко изменить его, чтобы убрать за собой, удалив контейнер и так далее.Также, если у вас есть позиция, вы всегда можете сделать контейнер всплывающим в заданной области.