Ваш вопрос немного расплывчат, вы не говорите, какие различия вы хотите обнаружить.
Существует два хорошо известных показателя сходства: SAD и SSD (сумма абсолютных разностей и суммаквадратов разностей).Чтобы получить проценты, вы можете соотнести их с максимально достижимым на эталонном изображении (выбрав значения черного или насыщенного, независимо от того, что дает наибольшую разницу).
Пример: сравнить значения пикселей 45 210 56 и 40220 60 (8 бит в оттенках серого) с использованием SAD:
P = 1 - (|45-40| + |210-220| + |56-60|) / (|45-0| + |210-255| + |56-0|) = 87%
Еще одна нормализованная оценка корреляции (коэффициент корреляции линейной регрессии).