Это известная проблема, о которой я сообщаю IntelliJ некоторое время назад.Я полагаю, что существует постоянный запрос на улучшение.
Единственное решение, которое я нашел, - это удалить все старые версии из проекта перед выполнением отладки в File => Project Structure ... => Libraries ->удалить старые библиотеки, которые являются дубликатами.