Поскольку ошибка предполагает, что вы не определили entityManagerFactory в ваших конфигурационных файлах Spring.Или это определено с другим именем.Попробуйте добавить этот параметр инициализации в конфиг в файле web.xml
<init-param>
<param-name>entityManagerFactoryBeanName</param-name>
<param-value>entityManagerFactory</param-value>
</init-param>