Вы можете сделать это, но только в качестве службы, которая работает как пользователь SYSTEM. Если вы попытаетесь выйти из системы под именем пользователя, с которым вы работаете, ваш скрипт прекратит работу (независимо от того, как вы выполняете это действие, текущая задача будет прервана после завершения работы пользовательской среды).
Однако, если вы напишите свою резервную копию, чтобы функционировать как служба, вы можете использовать win32api (через pywin32 ) для завершения всех пользовательских сессий (это не так уж и приятно, но давайте предположим, что это нормально с ваши пользователи), а затем сделать резервную копию. Существует проблема, которая может возникнуть, если пользователь снова войдет в систему - вам придется перехватывать событие входа пользователя, но в остальном это относительно безболезненно.