Нет необходимости размещать файлы javascript под WEB-INF. Вы можете иметь структуру, подобную следующей в вашем файле WAR:
.
js/
images/
WEB-INF/
WEB-INF/jsp
Файлы Jsp в WEB-INF \ jsp обычно появляются в основном контексте приложения, поэтому будет работать следующее
<script type="text/javascript" src="js/foo.js">
Если вы хотите разместить их под WEB-INF, вам нужно добавить еще один слой для их обслуживания. Вероятно, самый простой способ - использовать теги включения JSP:
<%@include file='js/foo.js'%>
Это скопирует все содержимое файла в сгенерированный html. Вы также можете напрямую обслуживать файл javascript, используя соответствующие сопоставления и устанавливая тип содержимого.