Перейдите в Run, Debug Configurations и перейдите на вкладку Debugger.
Убедитесь, что выбран отладчик gdbЕсли нет, нажмите кнопку Обзор, найдите gdb.exe.Вероятно, он будет в вашем каталоге установки (я имею в виду eclipse в поддире / bin).
Надеюсь, это помогло: D