То, что вы хотите, называется LauncherAPI. Это также позволит вам мигать значок с срочным уведомлением или добавить записи в контекстное меню значка.
https://wiki.ubuntu.com/Unity/LauncherAPI
На этой странице есть хороший пример, написанный на Python. Вам нужно будет использовать модуль gi python для общения по dbus. Вы также можете напрямую общаться через API-интерфейс DBUS нижнего уровня.
from gi import Unity
launcher = Unity.LauncherEntry.get_for_desktop_id ("evolution.desktop")
launcher.set_property("count", 124)
launcher.set_property("count_visible", False)