Боюсь, вам придется более конкретно определить маршруты.
Вы все еще можете использовать:
$route['(:any)'] = "auth/$1";
Но, вероятно, он перейдет к кнопке вашего списка маршрутов.
если вы хотите, чтобы были добавлены другие маршруты, которые отменяют тот, который вам нужно будет разместить поверх них.
Например, как это:
$route['login'] = "auth/login";
$route['varY'] = "controllerX/varY";
$route['varY/(:any)'] = "controllerX/varY/$1";
$route['foobar'] = "controller/method";
$route['(:any)'] = "auth/$1";
См. Этот документ для получения дополнительной информации и будущих ссылок:
http://codeigniter.com/user_guide/general/routing.html