Запустите небольшую программу мониторинга внутри linux, которая изменяет флаг в базе данных, работающей в Windows.
или изменяет файл, расположенный в linux, который следует читать из окон, используя какой-либо общий доступ к файлам.
или запустите небольшой веб-сервер на Linux для связи с вашей программой, работающей на Windows