Итак, я сделал эту работу. Часть проблемы заключалась в том, что в сгенерированных классах отсутствовала аннотация XmlRootElement. Подробнее об этом здесь . Поэтому я добавил аннотацию XJC в схему XSD и снова сгенерировал классы с помощью:
xjc -extension /path/to/schema
После этого все сработало (или, по крайней мере, я не получил никаких исключений при обработке XML), но элементы внутри корневого элемента не были беспрепятственными, и я получил только имплементацию XMLElement от анализатора. Проблема была (это было специфично для моего проекта), что определение элемента использовало xs: anyType в качестве типа элемента, который не может быть проанализирован. После того, как я изменил его на правильный тип элемента, все заработало как шарм.