Netbeans имеет плагин для создания UML.Используя это, вы можете создавать диаграммы анализа, которые включают ваши классы (следовательно, их методы и атрибуты).Если ваши страницы также являются классами, вам больше не нужно.
Но в принципе вы не найдете то, что позволит вам также структурировать и ваши коды, и страницы вместе, нет смысламне, вы должны создать свои собственные диаграммы в этих случаях (см. Dia: http://projects.gnome.org/dia/)
Edit
Должен проверить, конвертируется ли плагин UML Netbeans в вывод PHPКонечно, он подходит для Java, но не пробовал для PHP.
Я только что натолкнулся на http://argouml.tigris.org/
Он имеет поддержку PHP и, кажется, действительно хорош. Я также нашел: http://www.gentleware.com/