Вы можете использовать nth1 / 3 для достижения этого:
index(Matrix, Row, Col, Value):-
nth1(Row, Matrix, MatrixRow),
nth1(Col, MatrixRow, Value).
Контрольные примеры:
?- index([[1,2,3],[4,5,6],[7,8,9]], 2, 2, X).
X = 5.
?- index([[1,2,3],[4,5,6],[7,8,9]], Row, Col, 5).
Row = Col, Col = 2 ;