Согласно этой статье в блоге команды ADO.NET, это невозможно:
Текущая версия Entity Framework может использоваться для работы с SQL
Федерации Azure, однако федеративная база данных не может быть создана
Entity Framework.
Вы также можете проверить справочное руководство по началу работы с EF, используемым в SQL Azure Federation.