Наличие или отсутствие первичных или внешних ключей не мешает вам присоединиться к таблицам. (Это не будет особенно быстро, но вы можете сделать это.) Они также не существуют в отдельных экземплярах базы данных.
Вы говорите, что ваши базы данных не связаны. Из этого я должен сделать вывод, что база данных, в которой вы пишете хранимую процедуру, скорее всего, не имеет доступа ко второй базе данных; если это так, вы все равно не сможете получить к нему доступ. Вам необходимо добавить ссылку на 2-ю базу данных с помощью Enterprise Manager.
Как только вы это сделаете, вы можете ссылаться на таблицы во 2-й базе данных, используя ее имя схемы, как показано ниже:
SELECT *
FROM foo.employees
где foo - имя схемы.
Удачи.