Вы можете попробовать использовать флаг isSavedInstanceState. Установите этот флаг в false в onResume. Установите этот флаг в true в onSaveInstanceState. Проверьте этот флаг в onStop.
@Override
protected void onStop(){
super.onStop();
if (!isSavedInstanceState){ // this is a HARD KILL, write to prefs
SharedPreferences prefs = getPreferences(MODE_PRIVATE);
SharedPreferences.Editor editor = prefs.edit();
editor.putYourCounterIncrementHere
editor.commit();
Log.d(TAG,"savedPrefs");
}
else {
Log.d(TAG,"DidNotSavePrefs");
}
Log.d(TAG,"onStop");
}
Это увеличит ваш счетчик при жестком убийстве. Вы можете проверить пакет в onCreate для нулевого пакета, если хотите, но я не полностью протестировал эту логику.