Убедитесь, что тайм-аут выполнения в параметрах / запросах SSMS установлен на 0 (нет времени ожидания). Затем используйте запрос, подобный следующему, с заменой имен таблиц / столбцов / ключей на ваши. Настройте параметры по желанию.
ALTER TABLE tableName WITH NOCHECK
ADD CONSTRAINT PK_tableName PRIMARY KEY CLUSTERED (columnName)
WITH (FILLFACTOR = 75, ONLINE = ON, PAD_INDEX = ON)
Ссылка