Возможно, в javascript / flash YouTube есть что-то, что меняет его поведение в зависимости от пользовательского агента, поля реферера или DOM. Возможно, он думает, что он встроен в IFrame и что автозапуск нежелателен.
Я бы попытался выяснить, как вручную запустить игру, выполнив g_browser.InvokeScript();
Возможно, также посмотрите, сможете ли вы найти URL, чтобы заставить youtube перейти в режим html5 и избежать использования flash.