Вариант № 1 будет обычно быстрее, но есть случаи, когда Вариант №2 мог бы быть быстрее - то есть когда у вас есть несколько INSERT, и одна или несколько последующих вставок запрашивают одну и ту же таблицу и используют одну или больше индексов.
Другое соображение, конечно же, заключается в том, будут ли параллельные действия с другими сеансами до / во время загрузки данных - они могут пострадать, если у них нет индексов, которыми можно воспользоваться.