Основное ядро Linux не предназначено для отключения всех IRQ на ЦП на длительный период. Существует ряд внутренних функций ядра, которые требуют таких IRQ - RCU является одним из них. Остановка работы RCU может привести к остановке остальной системы, и во избежание такой остановки (в зависимости от используемой реализации RCU) могут возникать IPI (межпроцессорные прерывания), передаваемые всем ЦП.
Тем не менее, существуют экспериментальные исправления для правильной реализации такой изоляции процессора; Например: http://lwn.net/Articles/268711/ - они проходят через все внутренние вращения, необходимые для перевода ЦП в автономный режим (с точки зрения остальной части ядра) перед отключением маршрутизации прерываний. Это довольно старая серия патчей; Вы можете связаться с разработчиком серии исправлений, чтобы узнать, есть ли у них более новая версия, или адаптировать эти исправления к текущей версии ядра. Предполагается, что люди PREEMPT_RT также рассматривают возможность его реализации - посмотрите их вики по адресу https://rt.wiki.kernel.org/index.php/Main_Page (хотя он еще не реализован). Удачи!