Основное отличие состоит в том, что jquery.mobile.structure-1.0.1.min.css обеспечивает базовый стиль CSS, а jquery.mobile-1.0.1.min.css - это структура плюс образцы тем по умолчанию.
Если вы используете свою собственную пользовательскую тему (может быть, из themeroller ), тогда вам будет хорошо только файл структуры. Посетите эту страницу для получения дополнительной информации о различных конфигурациях загрузки.