Ваш вопрос мне не понятен, но я могу сделать пару толкований.
Во-первых, вы пытаетесь развернуть Sql Server на каждой рабочей станции. Sql Server, даже Express Edition, не предназначен для развертывания на отдельных рабочих станциях. Это поддерживаемая конфигурация, и она возможна , но совсем не рекомендуется . Если это то, что вы хотите сделать, вам гораздо лучше использовать Sql Server Compact Edition, Sqlite или даже Access.
Во-вторых, для каждой организации, использующей ваш продукт, будет центральный сервер, но вы не знаете, как распространять информацию о соединении для этого сервера. Здесь лучшим вариантом является пользовательское действие установщика, которое запрашивает и устанавливает строку подключения в файле конфигурации вашего приложения. Администратор каждой организации может по своему усмотрению создать файл ответов для вашего установщика, который автоматически предоставляет необходимую информацию.