Будет очень трудно, если не невозможно, правильно работать. Если встроенный WebKit не справляется с этим, это, вероятно, означает написание вашего собственного обработчика PDF рендерера / формы.
Другая возможность состоит в том, что, возможно, вы могли бы проще разобрать формы, которые нужно заполнить, и представить их, но это также потребовало бы подмножества анализа PDF.
Еще одна возможность - вы можете заставить пользователя перейти в приложение, такое как PDF Expert (единственное из известных мне приложений для iPad, которое может обрабатывать PDF-формы), и затем каким-то образом доставить их туда, куда им нужно.
Вы также пробовали PDF-формы в iOS 5?