Щелкните правой кнопкой мыши любую ревизию в списке изменений внутри TortoiseHg и выберите Обновить до, чтобы открыть диалоговое окно обновления.
Просто введите 00
(двойные нули), это изменит целевую версию на -1, и когда вы обновитесь до нее, у вас будет такое же состояние, как если бы вы установили этот флажок во время клонирования.
Обратите внимание, что если вы добавили неотслеживаемые незафиксированные файлы в рабочую папку после клонирования, они все равно могут присутствовать, поэтому вам следует либо запустить hg purge
впоследствии, либо просто удалить их вручную.