Вы не говорите, какую БД вы используете.
Для нетривиальных проектов вы обычно используете сервер БД, такой как SQL Server. Когда вы конфигурируете SQL Server, вы обычно устанавливаете выделенное место для файлов БД в некотором подходящем месте в вашей файловой системе.
Я бы обычно размещал БД в месте, которое указано сервером БД, а не в месте, которое каким-либо образом связано с веб-приложением.