Ваша проблема связана с автоматическим масштабированием частоты ядра на основе количества активных ядер в любой момент времени. Например, 6-ядерные чипы AMD Phenom работают на частоте 3,4 ГГц (или несколько похожи), а если ваше приложение создает более 3 потоков, оно снижается до 2,8 ГГц (или аналогично). Intel, с другой стороны, использует набор эвристик для определения правильной частоты в любой момент времени.
Тем не менее, вы всегда можете отключить эти настройки, перейдя в BIOS, и тогда результаты будут сопоставимы, только отличаясь в зависимости от тактовой частоты. Обычно люди измеряют гигафлопс, чтобы получить сопоставимые результаты.