Если я вас правильно понимаю, вы хотите отобразить один и тот же класс на две разные таблицы.В этом случае вы должны использовать разные имена сущностей в ваших отображениях.Поскольку вы не указали свои параметры сопоставления, я буду использовать hbm в моем примере.
<class entity-name="ArtistA" name="Artist" table="artist_a">
<id name="Id" column="artist_a_id">
<generator class="native" />
</id>
<property name="Name" column="artist_a_name" not-null="true" />
</class>
<class entity-name="ArtistB" name="Artist" table="artist_b">
<id name="Id" column="artist_b_id">
<generator class="native" />
</id>
<property name="Name" column="artist_b_name" not-null="true" />
</class>
Обратите внимание на наличие атрибута entity-name.При сохранении сущности вы должны указать имя сущности.
session.Save("ArtistA", new Artist { ... });