Зачем вам нужно остановить основной поток?Это какая-то игра?Вы должны использовать много потоков и никогда не блокировать основной поток.Например, нить для логики, нить для рисования.Если вам нужно остановить рисование, просто установите свойство noDraw = true :) Пример:
SomeDrawer extends View {
@override
public void onDraw(...){
if(noDraw) return;
redrawMyGame(...);
}
}