UPDATE TABLE1 SET A = (SELECT B FROM TABLE2 WHERE ...)
Если подумать, если таблицы действительно идентичны, зачем вам два из них? В любом случае вы также можете сделать это:
BEGIN;
DELETE FROM TABLE1;
INSERT INTO TABLE1 (A, col1, col2, ...) SELECT (B, col2, col2, ...) FROM TABLE2;
COMMIT;