Похоже, что заявленный вопрос касается автоматической передачи файлов с одного сервера на другой. Тот факт, что это ftp-серверы, является случайным, поскольку очень плохая идея использовать тот же общедоступный ftp-сервис, который клиенты используют для извлечения файлов для управления репликацией указанных файлов (т.е. загрузки новых файлов / или перезаписать существующие) - если вы действительно не заботитесь о том, чтобы ваша система была взломана шестью способами до воскресенья. На самом деле PHP вообще не имеет отношения к делу, если только у вас нет требований, о которых мы не знаем, прочитав ваш вопрос.
Я бы начал с изучения , как работает rdist . Общая проблема синхронизации файлов между серверами насчитывает десятилетия, и rdist извлек выгоду из множества исправлений и оптимизаций за это время. Если у вас более строгие требования к безопасности (что маловероятно, поскольку вы используете ftp-серверы), вам может потребоваться создать собственное решение.