В зависимости от того, как вы получили разрешение root на вашем устройстве, вы можете выполнить любое из следующих действий:
Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"/system/xbin/su","-c","reboot"});
или
Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"/system/bin/su","-c","reboot"});
или
Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"su","-c","reboot"});
Вероятно, лучше протестировать все три сценария в вашем приложении.