Вы должны запустить задачу один раз.
После создания индексов вам больше не нужно выполнять команду, так как индексы уже существуют и их не нужно добавлять снова.
Конечно, если вы создаете новые индексы, вам нужно будет запустить команду, чтобы добавить новые индексы в mongodb.