Подобные проблемы, как правило, являются признаком того, что ваш код нуждается в рефакторинге, чтобы логические части (например, построение графиков) были четко отделены от частей графического интерфейса.
Затем вы можете проверить логическую часть, введя строку и протестировав вывод графика (например), и часть графического интерфейса, открыв графический интерфейс, предоставив ему график, протестировав отображение некоторых узлов (например) и затем закрытие GUI из тестового кода.