Во-первых, вы не должны разрешать такие показы индекса на общедоступном сервере ... на вашем локальном хосте все может быть в порядке, но все же вы можете отключить его в своем .htaccess, добавив:
Options -Indexes
Чтобы ответить на ваш вопрос, вам, вероятно, следует добавить следующие условия перед правилом перезаписи, чтобы правило не применялось ни к каким файлам или каталогам, которые действительно существуют на диске:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
Это не решит проблему, которую вы имеете, потому что .htaccess перенаправляет в несуществующий файл / x / index.php ... именно поэтому он показывает список индексов для / x каталог