Звучит так, будто они ожидают ввода пользователя? - Вы можете попробовать запустить задачу msbuild (или NAnt, если это то, что вы используете) на сервере, чтобы проверить
Также проверьте, под какой учетной записью работает служба CruiseControl.Net, и, возможно, переключите ее на свою учетную запись и посмотрите, не изменит ли это ее - таким образом, вы бы узнали, связана ли она с разрешениями учетной записи и т. Д.