Присутствуют некоторые свойства конфигурации mybatis для создания / обновления базы данных при запуске приложения, как это делает "hibernate.hbm2ddl.auto"?
Что ж, MyBatis Migration Tool может удовлетворить ваши потребности, хотя и звучит немного иначе, чем Hibernate.