Почему бы не использовать IQueryable? Таким образом, вы по-прежнему будете иметь преимущество в составлении запросов и отложенной загрузке.
Другая идея состоит в том, чтобы воспользоваться тем фактом, что объекты сущностей, сгенерированные EF, на самом деле являются частичными классами, которые вы можете расширить, включив в них свою функциональность BO