Поскольку вы используете WiX, вы можете использовать CloseApplication в WixUtilExtension для этого. Установите @ RebootPrompt = "no", поскольку вы хотите, чтобы работал, а не выключался. Установите для свойства @Property свойство, которое вы затем используете в условии, чтобы отобразить предупреждение.