В конечном итоге я использовал следующий подход:
[migrator migrateStoreFromURL:[NSURL fileURLWithPath:incomingPath]
type:nil
options:nil
withMappingModel:managedObjectModel
toDestinationURL:[NSURL fileURLWithPath:finalPath]
destinationType:nil
destinationOptions:nil
error:&err];
[persistentStoreCoordinator removePersistentStore:[[persistentStoreCoordinator persistentStores]lastObject] error:&err];
Файл в "inputPath" был хранилищем, которое я импортировал, файл в "finalPath" - это уже существующее хранилище, в которое я хотел объединиться. Оба хранилища были открыты в одном и том же постоянном координаторе, и оба используют одну и ту же объектную модель. Затем я удалил входящий магазин и больше никогда не просматривал его; Полагаю, я мог удалить его на уровне файловой системы.
Для моих конкретных потребностей в данных я затем извлек все записи, отобрал дубликаты и сохранил контекст.
Я публикую этот ответ, потому что, будучи новичком в основных данных, эта простая миграция решила проблему «не может сохранить отношения с объектами в разных хранилищах» неинтуитивно.