Почему ваши тесты не сработали:
CKEDITOR.editor.removeMenuItem('paste');
Объект CKEDITOR не имеет свойства "editor",
CKEDITOR.editor.prototype.removeMenuItem('paste');
То же самое, и попытка получить прототип не поможет.
В обоих случаях вас ожидают сообщения об ошибках в консоли ошибок
config.removeMenuItem = 'paste'; /* in main config array */
Как вы уже связали, removeMenuItem - это метод объекта редактора, а не свойство объекта config.
Что вы можете сделать:
CKEDITOR.instances.editor.removeMenuItem('paste');
Объект CKEDITOR имеет свойство "instances", которое содержит все экземпляры, поэтому замените "editor" на имя вашего редактора, и он будет работать. (конечно, после создания экземпляра, а не до)