Вы можете сделать это с CompileAssemblyFromSource . В прошлом я делал нечто похожее, когда дополнял некоторые скрипты статическими обертками классов, чтобы их можно было легко вызывать. Вы можете увидеть его (или украсть у него) здесь.
Для этого просто загрузите свой шаблон, добавьте в код дополнительные усиления и скомпилируйте его за один раз.
Если вы хотите изменить существующую сборку, вам нужно будет использовать что-то вроде Mono.Cecil . Это позволяет загружать и изменять как сборку во время выполнения. Есть статья CodeProject с использованием Reflexil, продукта GPL на основе Cecil, который может помочь вам получить некоторые идеи ...