Спустя год я знаю, но, надеюсь, кому-то это пригодится: вы можете сделать это, установив свойства в контексте Spring:
<bean name="schedulerFactory" depends-on="flyway" class="org.springframework.scheduling.quartz.SchedulerFactoryBean">
<property name="quartzProperties">
<map>
<entry key="org.quartz.threadPool.class" value="org.quartz.simpl.SimpleThreadPool" />
<entry key="org.quartz.jobStore.useProperties" value="true" />
<entry key="org.quartz.jobStore.class" value="org.quartz.impl.jdbcjobstore.JobStoreTX" />
<entry key="org.quartz.jobStore.driverDelegateClass" value="org.quartz.impl.jdbcjobstore.StdJDBCDelegate" />
<entry key="org.quartz.jobStore.tablePrefix" value="QRTZ_" />
<entry key="org.quartz.jobStore.dataSource" value="qzDS" />
<entry key="org.quartz.dataSource.qzDS.jndiURL" value="java:comp/env/jdbc/${jndi.dataSource}"/>
</map>
</property>
<property name="applicationContextSchedulerContextKey">
<value>applicationContext</value>
</property>
</bean>
Обратите внимание, что я поместил здесь большинство связанных с JobStore свойств, поскольку они, по-видимому, должны находиться в одном и том же месте. В обычном файле quartz.properties есть еще какая-то другая конфигурация.