Я бы использовал службу Windows на вашем месте. Я проделал большую работу в WF, и главная причина, по которой я бы сказал, что не делать этого в WF, заключается в том, что MS в основном полностью переписывает следующую версию WF в соответствии с тем, что MS сказала на PDC в октябре. Будет способ запускать устаревшие действия 3.0 / 3.5 в 4.0, но у меня сложилось впечатление, что произойдут серьезные изменения.
Кроме того, похоже, что вам не нужна возможность модульной активности, которую обеспечивает WF. WF собирается добавить еще один уровень абстракции, который, как вам кажется, вам не понадобится, плюс вам все еще потребуется написать службу Windows для запуска созданного вами рабочего процесса. WF был бы хорошим выбором, если бы у вас был деловой человек, которому нужно постоянно менять происходящую логику, и вы хотели бы сделать большие инвестиции в управление этим процессом, который вы хотите создать.
Также я согласен с тем, что исходя из того, что вы говорите, вы должны рассмотреть возможность создания пакета служб SSIS в SQL Server, если у вас нет прямого доступа к базе данных.